医疗实体识别

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├── __init__.py                                                                               
├── env.sh                                                 ## 环境变量配置脚本
├── run_with_json.py                                       ## 只依靠json进行模型训练的入口脚本
├── run_infer.py                                           ## 只依靠json进行模型预测的入口脚本
├── examples                                               ## 各典型网络的json配置文件
│   ├── seqlab_ernie_health_1.0_fc_ch.json
│   └── seqlab_ernie_health_1.0_fc_ch_infer.json
├── data                                                   ## 示例数据文件夹，包括各任务所需训练集（train_data）、测试集（test_data）和预测集（predict_data）
│   ├── train_data_seqlab
│   │   └── train.txt
│   ├── test_data_seqlab
│   │   └── test.txt
│   └── predict_data_seqlab
│        └── predict.txt
└── dict                                                   ## 示例词表文件夹
     └── vocab_label_map.txt                               ## 示例IOB标注方式的标签词表

， 患 者 3 月 余 前 于 我 院 诊 断 为 “ 直 肠 癌 ” ， 于 2 0 1 5 - 1 0 - 2 6 在 全 麻 上 行 腹 腔 镜 直 肠 癌 根 治 术 ， ， 术 后 病 理 示 ： ， 2 0 1 5 1 8 5 0 2 ： （ 直 肠 ） 腺 癌 （ 中 度 分 化 ） ， 浸 润 溃 疡 型 ， 体 积 2 . 7 * 2 * 0 . 8 C M ， 侵 达 浆 膜 。 双 端 切 线 及 另 送 “ 近 切 线 ” 、 “ 远 切 线 ” 未 查 见 癌 。 肠 壁 一 站 （ 6 个 ） 、 中 间 组 （ 3 个 ） 、 中 央 组 （ 3 个 ） 淋 巴 结 未 查 见 癌 。 低 级 别 腺 管 状 腺 瘤 。 ， 免 疫 组 化 染 色 示 ： T S 部 分 （ + ） 、 S Y N （ - ） 。 ， 术 后 病 理 分 期 ： P T 3 N 0 M 0 ， I I 期 ， D U K E S B 。 依 情 2 0 1 5 - 1 1 - 0 8 . 2 0 1 5 - 1 2 - 0 9 给 予 奥 沙 利 铂 2 0 0 M G D 1 + 亚 叶 酸 钙 0 . 3 G D 2 - 6 + 替 加 氟 1 G D 2 - 6 静 滴 ， 同 时 辅 以 镇 吐 、 升 血 、 免 疫 调 节 等 对 症 支 持 治 疗 。 化 疗 过 程 总 体 顺 利 。 现 为 复 查 化 疗 来 我 院 ， 门 诊 以 “ 直 肠 癌 术 后 ” 收 入 院 。 目 前 患 者 精 神 好 ， 食 欲 及 饮 食 好 ， 夜 间 睡 眠 良 好 ， 小 便 正 常 ， 大 便 4 - 5 次 / 天 ， 基 本 成 形 。 否 认 近 期 明 显 体 重 变 化 。	O O O O O O O O O O O O O O B-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-手术 I-手术 I-手术 I-手术 I-手术 I-手术 I-手术 I-手术 I-手术 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 O O O O O B-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-药物 I-药物 I-药物 I-药物 O O O O O O O O B-药物 I-药物 I-药物 I-药物 O O O O O O O O O B-药物 I-药物 I-药物 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
， 患 者 因 “ 结 肠 癌 ” 于 2 0 1 2 - 1 2 - 1 3 在 我 院 于 全 麻 上 行 右 半 结 肠 切 1 5 除 术 ， 手 术 过 程 顺 利 ， 术 后 给 予 抗 感 染 及 营 养 支 持 治 疗 ， 患 者 恢 复 好 ， 切 口 愈 合 良 好 ， ， 术 后 病 理 ： 1 3 8 6 2 . 2 0 1 2 结 肠 腺 癌 （ 中 度 分 化 ） ， 溃 疡 型 ， 面 积 6 . 5 * 3 . 5 ， 侵 达 浆 膜 脂 肪 组 织 。 双 端 切 线 未 查 见 癌 。 结 肠 腺 管 状 腺 瘤 。 呈 肠 壁 一 站 （ 1 / 5 个 ） 淋 巴 结 癌 转 移 。 肠 壁 二 站 （ 3 个 ） 淋 巴 结 未 查 见 癌 。 ， 免 疫 组 化 染 色 示 癌 组 织 ： E R C C 1 ( + ) 、 T S 少 数 细 胞 （ + ） 。 （ P T 4 A N 1 M 0 ， I I I A ， D U C K S C ） 。 后 患 者 恢 复 好 出 院 ， 术 后 给 予 化 疗 2 周 期 。 院 外 期 间 患 者 一 般 情 况 好 ， 无 恶 心 ， 无 腹 痛 腹 胀 胀 不 适 ， 现 患 者 为 行 复 查 及 化 疗 再 次 来 院 就 诊 ， 门 诊 以 “ 结 肠 癌 术 后 ” 收 入 院 。 近 期 患 者 精 神 可 ， 饮 食 可 ， 大 便 次 数 多 ， 小 便 正 常 ， 近 期 体 重 无 明 显 变 化 。	O O O O O B-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-手术 I-手术 I-手术 I-手术 I-手术 I-手术 I-手术 I-手术 I-手术 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 O O B-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 O O O O B-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 I-解剖部位 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-解剖部位 O B-解剖部位 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 I-疾病和诊断 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O

， 患 者 2 0 0 8 年 9 月 3 日 因 “ 腹 胀 ， 发 现 腹 部 包 块 ” 在 我 院 腹 科 行 手 术 探 查 ， 术 中 见 盆 腹 腔 肿 物 ， 与 肠 管 及 子 宫 关 系 密 切 ， 遂 行 “ 全 子 宫 左 附 件 切 除 + 盆 腔 肿 物 切 除 + 右 半 结 肠 切 除 + D I X O N 术 ” ， 术 后 病 理 示 颗 粒 细 胞 瘤 ， 诊 断 为 颗 粒 细 胞 瘤 I I I C 期 ， 术 后 自 2 0 0 8 年 1 1 月 起 行 B E P 方 案 化 疗 共 4 程 ， 末 次 化 疗 时 间 为 2 0 0 9 年 3 月 2 6 日 。 之 后 患 者 定 期 复 查 ， 2 0 1 5 - 6 - 1 ， 复 查 C T 示 ： 髂 嵴 水 平 上 腹 部 L 5 腰 椎 前 见 软 组 织 肿 块 ， 大 小 约 3 0 M M × 4 5 M M ， 密 度 欠 均 匀 ， 边 界 尚 清 楚 ， 轻 度 强 化 。 查 肿 瘤 标 志 物 均 正 常 。 于 2 0 1 5 - 7 - 6 行 剖 腹 探 查 + 膀 胱 旁 肿 物 切 除 + 骶 前 肿 物 切 除 + 肠 表 面 肿 物 切 除 术 ， 术 程 顺 利 ， ， 术 后 病 理 示 ： 膀 胱 旁 肿 物 及 骶 前 肿 物 符 合 颗 粒 细 胞 瘤 。 于 2 0 1 5 - 7 - 1 3 、 8 - 1 4 给 予 泰 素 2 4 0 M G + 伯 尔 定 6 0 0 M G 化 疗 2 程 ， 过 程 顺 利 。 出 院 至 今 ， 无 发 热 ， 无 腹 痛 、 腹 胀 ， 有 脱 发 ， 现 返 院 复 诊 ， 拟 行 再 次 化 疗 收 入 院 。 起 病 以 来 ， 精 神 、 胃 纳 、 睡 眠 可 ， 大 小 便 正 常 ， 体 重 无 明 显 改 变 。
， 患 者 于 2 0 1 1 年 9 月 2 9 日 在 我 院 因 “ 子 宫 内 膜 癌 I I 期 ” 在 全 麻 上 行 “ 广 泛 全 子 宫 切 除 + 两 侧 附 件 切 除 + 盆 腔 淋 巴 结 清 扫 + 腹 主 动 脉 旁 淋 巴 结 活 检 术 ” ， 术 中 探 查 见 盆 腹 腔 未 见 腹 水 ， 子 宫 增 大 ， 约 1 0 * 8 * 7 C M ， 饱 满 ， 两 侧 附 件 未 见 异 常 ， 盆 腔 及 腹 主 动 脉 旁 淋 巴 结 未 及 肿 大 。 术 程 顺 利 ， ， 术 后 病 理 回 报 ： 腹 水 未 见 癌 ； （ 全 子 宫 + 两 附 件 ） 送 检 子 宫 大 小 为 1 0 * 6 * 4 C M ， 宫 腔 内 见 菜 花 样 肿 物 大 小 为 5 * 4 * 3 C M ， 灰 黄 质 硬 ， 浸 润 浅 肌 层 ； 镜 上 中 至 低 分 化 子 宫 内 膜 样 腺 癌 ， 部 分 呈 鳞 状 分 化 ， 浸 润 子 宫 浅 肌 层 ， 未 累 及 宫 颈 管 ； 右 输 卵 管 系 膜 内 见 子 宫 内 膜 异 位 ； 两 附 件 、 阴 道 残 端 、 淋 巴 结 未 见 癌 ； ， 免 疫 组 化 ： E R （ + ） ， P R （ - ） 。 ， 术 后 诊 断 ： 子 宫 内 膜 样 腺 癌 I A 1 期 。 因 肿 瘤 为 中 至 低 分 化 且 大 小 为 5 * 4 * 3 C M ， 术 后 有 化 疗 指 征 。 于 2 0 1 1 年 1 0 月 1 1 日 、 1 1 月 1 6 日 行 T P （ 泰 素 + 伯 尔 定 ） 方 案 化 疗 2 程 ， 化 疗 后 出 现 轻 度 恶 心 、 呕 吐 ， 伴 脱 发 ， 无 骨 痛 及 四 肢 麻 木 等 不 适 ， 白 细 胞 最 低 降 至 2 . 7 × 1 0 9 / L ， 未 处 理 可 自 行 升 至 正 常 。 自 发 病 以 来 ， 精 神 、 食 欲 、 睡 眠 良 好 ， 无 腹 痛 及 腹 胀 ， 无 腰 酸 ， 大 小 便 正 常 。 体 重 较 下 次 化 疗 增 加 3 K G 。 ， 既 往 化 疗 及 肿 瘤 标 志 物 情 况 ： ， 化 疗 药 物 毒 副 反 应 ： 。
， 患 者 于 2 0 1 0 年 1 0 月 因 \ " 上 腹 痛 伴 大 便 习 惯 改 变 \ " 外 院 行 肠 镜 ， 活 检 病 理 示 中 分 化 腺 癌 ； ， 外 院 B 超 示 ： 盆 腔 内 2 个 巨 大 团 块 ， 考 虑 卵 巢 来 源 可 能 性 大 ； 盆 腔 大 量 积 液 。 来 我 院 就 诊 ， 考 虑 乙 状 结 肠 癌 伴 不 完 全 梗 阻 、 盆 腔 肿 物 ， 2 0 1 0 - 1 0 - 2 5 我 院 行 \ " 子 宫 切 除 + 两 附 件 切 除 + D I X O N 术 + 大 网 膜 切 除 术 开 腹 恶 性 肿 瘤 特 殊 治 疗 术 \ " ， 术 中 5 - F U 1 0 0 0 M G 肠 腔 化 疗 ， 门 静 脉 5 - F U 2 5 0 M G 化 疗 ， 中 人 氟 安 8 0 0 M G 腹 腔 化 疗 ， ， 病 理 回 报 ： 乙 状 结 肠 中 分 化 腺 癌 ， 两 侧 卵 巢 转 移 瘤 ， 中 央 组 淋 巴 结 转 移 4 / 1 5 ， P T 4 B N 2 M 1 。 2 0 1 0 - 1 1 - 1 0 我 院 复 查 C T 提 示 肝 S 5 、 6 段 肝 转 移 。 遂 于 2 0 1 0 - 1 1 - 1 6 至 2 0 1 1 - 3 - 1 1 行 F O R F I R I 方 案 化 疗 7 程 ， 4 程 、 6 程 复 查 C T 疗 效 评 价 为 S D ， 后 于 2 0 1 1 - 4 - 6 转 外 科 行 \ " 肝 转 移 瘤 切 除 术 \ " ， ， 术 后 病 理 ： 符 合 肠 癌 肝 转 移 。 后 于 2 0 1 1 - 0 5 - 2 0 至 2 0 1 1 - 0 8 - 0 5 继 续 F O R F I R I 方 案 化 疗 4 程 。 后 定 期 复 查 至 2 0 1 2 - 0 2 - 2 1 我 院 C T 提 示 右 下 肺 及 右 上 肺 结 节 、 左 前 胸 壁 结 节 ， 考 虑 转 移 瘤 ， 两 肺 多 发 结 节 结 节 状 小 空 洞 影 未 排 除 转 移 。 考 虑 肿 瘤 复 发 ， 于 2 0 1 2 - 0 3 - 0 1 始 行 F O L F O X 方 案 6 程 ， 3 ， 程 后 复 查 C T 疗 效 评 价 ： S D 。 ， 6 程 后 2 0 1 2 - 7 - 1 0 我 院 C T ： 肝 S 6 、 8 、 2 病 灶 ， 可 疑 转 移 瘤 ， 建 议 M R 检 查 。 脾 内 低 密 度 影 ， 可 疑 转 移 瘤 。 ， 疗 效 评 价 ： S D 。 现 为 进 一 步 诊 治 入 院 ， 患 者 自 觉 无 不 适 ， 胃 纳 、 睡 眠 可 ， 二 便 如 常 。